Głównym problemem kolei jest ich struktura rynku. Na kolejach, z uwagi na ograniczenia techniczne trudno było stworzyć strukturę pozwalającą na działanie praw wolnego rynku. Zazwyczaj przedsiębiorstwa kolejowe miały tak duże rozmiar, iż stawały się regionalnymi monopolami. Już od samego początku swego istnienia koleje w większości krajów, niezależnie od tego, jaką miały formę własności, cechowała silna pozycja monopolistyczna. Kraje, gdzie istniała konkurencja na sieci kolejowej, istniały, i niekiedy już wcześnie opierały się na oddzielnym, państwowym zarządzie infrastruktury (Holandia, Włochy), lecz nigdzie przez długi okres czasu nie opracowano idealnego rozwiązania dla poprawnego zorganizowania struktury rynku.

Powodem tego stanu były też liczne niepokoje społeczne. Koleje z reguły po dziś dzień są największymi pracodawcami w wielu krajach Europy i niewielu polityków jest na tyle kamikadze, by złamać opór strajkujących pracowników tej branży. Niekiedy strajkujący przeciwko rządowi kolejarze pomagają w puczu i przyczyniają się do obalenia legalnie wybranego rządu, jak pokazuje casus Polski międzywojennej.

Własność państwowa jest elementem satysfakcjonującym szczególnie różne sojusze interesów branżowych, mimo że skutecznie tępi w zarodku przejawy inicjatywy, przedsiębiorczości, i długofalowo prowadzi do kryzysu tej branży, pozbawionej innowacji i rozwoju, jaki niesie ze sobą inicjatywa sektora prywatnego. Efektem jest zacofanie technologiczne sprzęgnięte z silnym przerostem zatrudnienia. 

Możliwym wyjściem są masowe przekwalifikowania (na zreformowanych kolejach zwykle brak maszynistów), prywatyzacja i „tworzenie kolei na nowo”, z nowoczesnym taborem i zupełnie innym poziomem rozwoju technologicznego. Zasklepienie przepaści pomiędzy obydwoma systemami: zacofaną technicznie i organizacyjnie koleją państwową i jej nowoczesnymi, normalnymi rywalami prywatnymi najczęściej nie jest możliwe i ciągłość działania musi ulec przerwaniu w wyniku czy to braku pieniędzy na podtrzymywanie działalności przewoźnika państwowego, czy też z powodu dostrzeżenia nieskuteczności dotychczasowej polityki wobec tego przedsiębiorstwa, od lat skutecznie wymigującego się wszelkim próbom nawet częściowej prywatyzacji.

Pod koniec lat 80-tych XX wieku Szwecja jako pierwszy kraj Europy gruntownie zreformowała strukturę rynku kolejowego, oddzielając infrastrukturę od działalności przewozowej i tworząc tym samym możliwość walki konkurencyjnej na sieci. Nim ten krok na dobre okazał się sensownym, został powtórzony przez niemal wszystkie kraje Europy Północnej i kilka krajów reszty kontynentu. Dlaczego się tak pospieszono? Pionowe rozbicie uwalnia działalność przewozową na kolejach od uciążliwego balastu, jakim są niekoniecznie dochodowe linie kolejowe.

Już z samej analizy finansowej przedsiębiorstw wynika, że zbyt duży poziom majątku trwałego do obrotowego niekorzystnie wpływa na przedsiębiorstwo.

PKP są własnością Państwa już od 1926 roku. Przedtem na terenie polski działały prywatne lub państwowe przedsiębiorstwa kolejowe pozostałe po zaborcach. Głównym powodem zmiany ówczesnej struktury rynku były wg relacji T. Syryjczyka, oskarżenia prywatnych przewoźników o praktyki monopolistyczne.

Jednak kolej w przedwojennej Polsce nie była monopolem tak zupełnym jak to ma miejsce obecnie. Rocznik statystyczny z roku 1939 pokazuje, iż koleje prywatne i samorządowe przewiozły 58,9 mln podróżnych, podczas gdy dominujące już wówczas na rynku państwowe PKP obsłużyły 226 mln podróżnych, a więc niemal czterokrotnie więcej, ale posiadając aż 38-krotnie więcej lokomotyw niż ich konkurenci (5176 wobec 134), i wykorzystując 20-krotnie więcej wagonów pasażerskich (10543 wobec 532). Powodem tych różnic były dłuższe średnie podróże na sieci PKP, ale też niższa wydajność. Rocznie na kilometr linii nie obsługiwanej przez PKP przypadało 41217 przewiezionych podróżnych, podczas gdy na liniach obsługiwanych przez PKP przewieziono zaledwie 12340 podróżnych na kilometr. Koleje prywatne i komunalne posiadały 1429 km torowisk, natomiast PKP obsługiwało pozostałe 18 313 km.

Naonczas kursowało po Polskich torach więcej autobusów szynowych niż to ma miejsce obecnie. Obsługiwały one 5690 lini kolejowych na terenie kraju. Lecz w porównaniu międzynarodowym nawet z krajami ościennymi koleje polskie wypadały bardzo źle. Koleje liczącej zaledwie 10,3 mln mieszkańców Czechosłowacji przewoziły aż 268,7 mln podróżnych rocznie, podczas gdy Polska liczyła aż 34,9 mln mieszkańców i przewoziła ich mniej! 78-milionowe Niemcy już naonczas osiągnęły ponad 1,8 miliarda obsłużonych podróżnych rocznie.

Upaństwowienie PKP to wyraz popularnych wówczas tendencji etatystycznych. Spowodowało silny wzrost nie wybranej w procesie demokratycznym grupy nacisku, jaką były najsilniejsze wówczas w słabym jeszcze kraju związki zawodowe liczących ok. 200 tysięcy pracowników PKP (w 2010 r. PKP zatrudniały 90 tys. osób). Na rosnącą siłę związków zawodowych, coraz śmielej sobie poczynających wobec słabego nadzoru zarządczego ze strony Państwa reagowano militaryzacją kolei (por. N. Davies, Boże Igrzysko). Niestety, nie zdołało to zapobiec nadchodzącej klęsce systemu demokratycznego Rzeczpospolitej, do czego, jak się okazuje, w sposób decydujący przyczynili się strajkujący kolejarze.

Strajk kolei, który zwołano w kluczowym momencie walk o Warszawę pomiędzy obrońcami demokracji parlamentarnej a puczystami spowodował niemożność dowiezienia do walczącego miasta posiłków wojskowych mających pomóc wybranemu demokratycznie rządowi. Strajkujący kolejarze, poprzez odmowę przewozu posiłków wojskowych niemal bezpośrednio doprowadzili do przewrotu stanu i zakończenia w międzywojennej Polsce liczącego zaledwie osiem lat systemu demokracji parlamentarnej i wprowadzenia militarnej dyktatury okresu sanacji.

Kolejarze zawsze byli pewni swej silnej pozycji przetargowej w systemie gospodarczym kraju. Mała grupa nacisku kontrolująca daną branżę potrafi skutecznie rozłożyć na łopatki plany reform i utrzymać dla siebie najwygodniejszą pozycję. W okresie gospodarki planowej całe przedsiębiorstwo było zarządzane przez przedstawicieli związków zawodowych, dochodziło do tzw. syndykalizacji zarządzania, co powodowało niezwykle niski poziom zarządzania przedsiębiorstwem, jego upadek organizacyjny i technologiczny.

Tabela 1. Uposażenie miesięczne pracowników przedsiębiorstwa państwowego PKP wg budżetu na rok 1939 (za GUS 1939) i dla porównania: przeciętna płaca ówczesnego robotnika i robotnicy oraz uposażenie początkującego nauczyciela.

Apogeum kryzysu przypadło na późne lata 80-te. Już wówczas Jerzy Hausner obserwując właśnie sytuację na kolejach, pisał w swej rozprawie habilitacyjnej iż gospodarka planowa jest bezplanowa i że w konsekwencji musiała będzie upaść. W swej pracy dowodził, że w gospodarce, którą państwo sterowało odgórnie, różne grupy interesu: wielkie korporacje, sojusze menedżerów, związków zawodowych i wówczas aparatu partyjnego, blokowały w istocie rzeczy zdolność państwa do przekształcania tych sektorów. Gospodarka planowa krok po kroku stała się bezplanowa, i nie można było nią sterować.

PKP, femme fatale polskiej gospodarki, przyczyniło się do upadku także kolejnego systemu polityczno-gospodarczego. Nie-sterowalność PKP była najbardziej widoczna spośród wszystkich wielkich przedsiębiorstw krańcowego socjalizmu. Zatrudnienie wzrosło z okresem przedwojennym niemal dwukrotnie.