Województwo Małopolskie uruchomiło dotychczas dwie linie Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej na następujących trasach:

•       SKA 1: Wieliczka Rynek Kopalnia – Kraków Główny – Kraków Lotnisko;

•       SKA 2: Sędziszów – Miechów – Kraków Główny.

W dalszej kolejności planowane jest wydłużenie linii SKA 2 do Skawiny oraz uruchomienie linii SKA 3 z Tarnowa przez Kraków Główny do Trzebini.

Województwo Małopolskie nie wyklucza włączenia linii kolejowej nr 95 Kraków Mydlniki – Podłęże po wykonanym remoncie, w system Szybkiej Kolei Aglomeracyjnej w przyszłości. Jest to uwarunkowane poprawą jej stanu technicznego przez PKP Polskie Linie Kolejowa S.A. oraz zagospodarowaniem obszarów sąsiadujących do przedmiotowej linii, uzasadniających uruchomienie takich przewozów.