Ze względu na podgórskie ukształtowanie terenu i niewielkie pochylenia podłużne akceptowalne przy projektowaniu linii kolejowych (znacznie mniejsze niż w przypadku dróg) wyznaczenie przebiegu linii kolejowej w tym terenie jest trudne. Aktualnie rozpatrywane są 3 warianty przedsięwzięcia. Ich przebieg przedstawia poniższa mapka:

Podstawowe dane dla poszczególnych wariantów zestawiono w poniższej tabeli:

Krótki opis wariantów:

Wariant 1. Wariant został wytyczony przy założeniu zminimalizowania długości nowej linii koniecznej do zbudowania. Trasa wariantu odchodzi od istniejącej linii nr 108 jadąc od Krosna tuż za mostem na rzece Jasiołce - aby uniknąć konieczności budowy nowego mostu w tym miejscu. Jednak most na Jasiołce trzeba by w tym wariacie zbudować w innym miejscu - pomiędzy wsiami Brzezówka i Budzisz - w celu przeprowadzenia linii z powrotem na prawy brzeg rzeki. Trasę linii udało się przeprowadzić pomiędzy większością terenów chronionych obszarem Natura 2000 PLH180052 "Wisłoka z dopływami" i ograniczyć ingerencję w jego obszar tylko do miejsc przecięcia koryta rzeki (istniejący i nowy most). Trasa łącznicy w tym wariancie łączy się z linią nr 106 w rejonie miejsowości Szebnie.

Wariant 2. Założenie dla wariantu 2 było podobne jak dla wariantu 1, tylko postanowiono za cenę niewielkiego wydłużenia odcinka linii koniecznej do wybudowania uniknąć konieczności budowy mostu na Jasiołce. Niestety, ze względu na ukształtowanie terenu okazało się, że powoduje to konieczność budowy tunelu pod wzgórzem, na którym znajduje się m.in. wieś Winnica. Szczęśliwie tunel jednocześnie rozwiązuje problem kolizji z obszarem Natura 2000 PLH180052 "Wisłoka z dopływami", który obejmuje także część tego wzgórza, gdyż pozwala na ominięcie go pod powierzchnią ziemi. Trasa wariantu odchodzi od linii nr 108 w rejonie Męcinki (część miasta Jedlicze) i włącza się do linii nr 106 w rejonie miejscowości Moderówka. Wariant nie koliduje z żadną nieruchomością zabudowaną.

Wariant 3. Założenie dla wariantu 3 było odmienne niż w przypadku wariantów 1 i 2 - chodziło o taki przebieg, który zapewniłby największe skrócenie drogi liniami kolejowymi, a więc także i czasu jazdy pociągów, w relacji z Rzeszowa do Krosna i dalej na południe. Ze względu na podgórskie ukształtowanie terenu jedyną technicznie wykonalną możliwością  było przeprowadzenie trasy doliną Wisłoka - jego lewym brzegiem. Przebieg wariantu odchodzi od linii nr 108 na istniejącym posterunku Krosno-Turaszówka - zakręca łukiem w prawo i kieruje się na północ, do doliny Wisłoka - przecinając drogę z Krosna do miejscowości Potok, z następnie drogę nr 990 Krosno - Frysztak (wiaduktem). Następnie przebiega lewym brzegiem Wisłoka - pomiędzy wspomnianą drogą, a rzeką. Omija zabudowę miejscowości Ustrobna i Wojaszówka od strony rzeki. W rejonie miejscowości Bajdy, gdzie Wisłok bardzo zbliża się do drogi trasa koliduje z 2 lub 3 nieruchomościami zabudowanymi. Trasa przecina jeszcze raz drogę nr 990 wiaduktem tuż przed miejscowością Przybówka, w której włącza się do linii nr 106 w istniejącej stacji. Przebieg wariantu nie przecina żadnego z licznych w jego pobliżu terenów chronionych obszarem Natura 2000 PLH180030 "Wisłok Środkowy z Dopływami". Niestety, ze względu na kilkukrotnie większą długość niż wariantów 1 i 2 wariant 3 jest też od nich znacznie droższy.

Ze względu na trudne ukształtowanie terenu nie udało się wyznaczyć żadnego, racjonalnego ekonomicznie, wariantu w obszarze pomiędzy wariantem 2 i 3. Każdy wariant w tym obszarze wymagałby tunelu znacznie dłuższego niż w przypadku wariantu 2 lub powodowałby znaczące kolizje z istniejącą zabudową.